Las manifestaciones que aparecen no son esencialmente distintas de aspectos conductuales que puede exhibir cualquier persona considerada normal. Por ejemplo, la distractibilidad o la impulsividad, propia de un trastorno de atención, puede presentarla cualquier individuo normal, al que se considera simplemente como una persona despistada o impulsiva.
Por lo tanto, los límites entre trastorno y normalidad pueden ser muy imprecisos y dependientes del contexto o de la persona que evalúa el problema. Otro aspecto de los TND es que actualmente no existen marcadores biológicos para ninguno de ellos.
Ningún análisis, electroencefalograma, examen neurorradiológico o prueba biológica es útil de cara al diagnóstico de los TND, aunque en casos concretos puede serlo para determinar la etiología.
Por este motivo, el diagnóstico se sustenta en un cierto grado de subjetividad por parte del profesional que interpreta la magnitud del síntoma. Otra característica es la alta tasa de comorbilidad. En muchos casos la dificultad no reside en decantarse por un trastorno u otro, sino en demostrar la presencia de dos o tres trastornos asociados.
De hecho, existen diversos estudios que ponen en evidencia que en ciertos trastornos, tal como ocurre en el trastorno por déficit de atención/hiperactividad, la forma más rara de presentación es el trastorno puro.
También puede resultar difícil, en ciertos casos, marcar los límites entre un trastorno u otro. Un ejemplo de ello es el diagnóstico diferencial entre un paciente con un trastorno específico del lenguaje y un trastorno autista. En ambos casos puede existir una discapacidad para la relación social. En estos casos puede ser difícil marcar un límite entre un déficit en la comprensión lingüística (propia del trastorno específico del lenguaje) y un déficit en la comprensión social (propio del trastorno autista).